Od kardynała Hozjusza do ks. Frelichowskiego
Mijają wieki. Przychodzi trudny dla Kościoła wiek XVI. Rozpoczyna go świadectwo złożone przez syna Ziemi Chełmińskiej, kanonika warmińskiego Mikołaja Kopernika. Zaświadczył on własnym życiem o jedności wiary i nauki na najwyższym poziomie. Jednocześnie jest to wiek rozbicia Kościoła Zachodniego. Po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego podległe mu diecezje znalazły się w dramatycznej sytuacji. Najbardziej na północ wysunięta diecezja sambijska praktycznie przestała istnieć, zaś teren diecezji pomezańskiej Klemens VIII rozdzielił w 1601 roku między diecezję chełmińską i warmińską.
Bezpośrednio przed rozpoczęciem prac Soboru Trydenckiego naszym biskupem został późniejszy kardynał Stanisław Hozjusz. Ów sługa Boży to jeden z filarów Soboru. Uchwały Soboru Trydenckiego z wielką gorliwością wprowadzał w życie diecezji biskup Piotr Kostka. Z wielką pomocą pospieszyła mu służebnica Boża Magdalena Mortęska, przyjęta do klasztoru benedyktynek w Chełmnie w roku 1579. Była ona inspiratorką tzw. reformy chełmińskiej przekształcającej benedyktynki w. zakon nauczający. Ojcowie jezuici sprowadzeni w roku 1596 do Torunia podejmą dzieło reformy nauczania w Kościele stając się dla miasta prawdziwą ostoją katolicyzmu. W dzieło reformy zaangażowali się nawet świeccy m.in.: Zofia z Tylickich Tomicka, siostra biskupa Piotra Tylickiego, oraz Teresa Elżbieta z Grudzińskich Działyńska, kasztelanowa chełmińska. Obie działały w pierwszej połowie XVII wieku i zostały otoczone po śmierci kultem, który jednak nie dotrwał do naszych czasów. Listę świadków wiary tego okresu uzupełnia sługa Boży Bernard z Wąbrzeźna, który w klasztorze benedyktynów w Lubiniu odznaczył się wzorowym życiem zakonnym.
Wiek XVII to czas utrwalenia odnowy religijnej Kościoła katolickiego po Soborze Trydenckim. Charakterystycznym rysem polskiego katolicyzmu, który na powrót stał się zdecydowanie dominującą religią w państwie, była atmosfera tolerancji w stosunku do innych wyznań. Głośnym echem w całej Europie, ogarniętej wieloma wojnami religijnymi, odbiły się pertraktacje prowadzone z protestantami - słynne "Colloquium Charitativum" (rozmowa braterska" katolików, luteran i kalwinów) w Toruniu w 1645 roku.
Kolejny przełomowy okres w dziejach Kościoła Chełmińskiego to czasy zaborów. Przesunięcia granic politycznych po Kongresie Wiedeńskim oraz powstanie Królestwa Polskiego spowodowały kolejne zmiany organizacji kościelnej na centralnych ziemiach polskich. Po pięcioletnich trudnych rokowaniach Prus ze Stolicą Apostolską, uregulowana została ostatecznie organizacja terytorialna Kościoła łacińskiego w Prusach. Utrzymała się metropolia gnieźnieńska, która otrzymała tylko jedną diecezję chełmińską jako sufraganię, W roku 1821 do Ziemi Chełmińskiej dołączono całe Pomorze Gdańskie, które wcześniej należało do diecezji włocławskiej. Stolicy diecezji nie przeniesiono jednak do Torunia czy Gdańska, lecz do opuszczonego, po wygnaniu cystersów, klasztoru w Pelplinie (w 1824 r.). W latach osławionego "Kulturkampfu" Pelplin stał się swoistym miejscem "internowania" biskupów chełmińskich.
Okres zaborów na Ziemi Chełmińskiej rozświetliła postać błogosławionej Matki Marii Karłowskiej, założycielki sióstr Pasterek, które szczególnie zajęły się opuszczoną młodzieżą. Zamek w Jabłonowie Pomorskim po dziś dzień jest główną siedzibą Zgromadzenia, które przywróciło społeczeństwu tysiące wykolejonych dziewcząt. Wspaniałą kartę zapisały również polskie rodziny Heleny i Ottona Steinbornów i Leona Szumana - wybitnych lekarzy i patriotów z przełomu XIX i XX wieku. Zwłaszcza dr Leon Szuman zasłynął m.in. z bezpłatnego leczenia biednych Polaków. Jego syn ks. Henryk Szuman z przyjaciółmi otacza opieką setki sierot po I wojnie światowej. Ks. Henryk Szuman jako proboszcz w Nawrze spotkał się z życzliwym wsparciem rodziny Sczanieckich. Przyglądając się dziejom tych rodzin dochodzimy do osób nam współczesnych, takich jak siostra ks. Henryka Szumana, panna Wanda Szuman, która oddała całe swoje życie służbie dzieciom specjalnej troski w Toruniu
W okresie zaborów szczególną rolę w obronie kultury polskiej odegrało Toruńskie Towarzystwo Naukowe, w którym wśród badaczy dominowali kapłani z całej diecezji, z prezesem Towarzystwa ks. Stanisławem Kujotem na czele.
W okresie międzywojennym część ziem diecezji chełmińskiej znalazła się poza granicami Rzeczypospolitej. W roku 1925 odłączono je i utworzono z nich m.in. diecezję gdańską. W ten sposób teren współczesnej metropolii gdańskiej w przybliżeniu pokrywa się z granicami jednej diecezji chełmińskiej z XIX w.
Przychodzi czas II wojny światowej. Wielu toruńczyków pamięta postać młodego wikariusza z parafii NMP, kapelana Pomorskiej Chorągwi Związku Harcerstwa Polskiego, błogosławionego ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Aresztowany w 1939 roku organizował potajemnie życie religijne w Forcie VII. Stamtąd wywieziony do Dachau stał się nieformalnym ojcem duchownym całego duchowieństwa katolickiego, które tam spędzało często ostatnie lata i miesiące swego życia. Jego apostolstwo było tak głębokie, że władze hitlerowskie zgodziły się na oddanie mu publicznego hołdu po śmierci 23 II 1945 r. Przed spaleniem jego zwłok w krematorium, jeden ze współwięźniów odciął mu trzy palce prawej ręki i te relikwie spoczywają dziś w naszej świątyni mariackiej w Toruniu.
W 1920 roku zostali sprowadzeni do Torunia redemptoryści, którzy rozszerzyli kult obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy na całą diecezję. W roku 1962 została Ona uroczyście ogłoszona główną patronką diecezji chełmińskiej. Natomiast 8 grudnia 1991 roku redemptoryści rozpoczęli w Toruniu nadawanie programu przez Radio Maryja, który od 29 marca 1993 roku, jako pierwszy w Polsce, transmitowany jest poprzez stację satelitarną.
Listę świadków wiary, którzy stali się drogowskazami dla ludu Bożego mieszkającego na Ziemi Chełmińskiej, symbolicznie zamyka postać męczennika błogosławionego ks. Jerzego Popiełuszki, który pod Toruniem złożył swoje ostatnie w życiu wyznanie wiary. Wspominając te sylwetki widzimy, że każdy świadek wiary jest darem Bożym danym ludowi naszej ziemi.